Az új zsinagógát és közösségi székházat egy 1897-es pályázat alapján Baumhorn Lipót tervezhette meg. Az építő munka 1900. augusztusában indult és 1902. októberére fejeződött be. A monumentális 48.5 méter magas épületen a mór-szecessziós stíluson kívül bizánci hatást mutat a barokkos megjelenésű kupola csegelyekkel történt beillesztése. Belül az orgona feletti bordás kiképzés a gótikát, a karzattartó oszlopok a román stílust példázzák. A zsinagógában 1340 ülőhely van, melyből ma 1200 használható. Az építést a környezetszépítés követte, a csodás park kialakítása, amely a felavatásáig - 1903. május 19-ig - tartott. 

 

A zsinagóga legszebb része a kupolabelső, amely a világot szimbolizálja. A négy márványoszlop feletti négy héber szó: a tóra, a tanulás és a jótékonyság gyakorlását jelenti, ami a zsidó vallás tanítása szerint az erkölcsi világot meghatározó tényezők. A kupoladob 24 oszlopa a nap 24 óráját, fölötte kék alapon a csipkebokor virágai a hitet jelképezik. A végtelen tér élménye fogalmazódik meg a kupola növényzetét jelző zöldes-barna díszítő sorától egyre sötétedő csillagos kék és üvegburkolatában. Középütt a csillagos ég, a Dávid csillaggal, körülötte a nap kivilágítható sugarai koronázzák meg az égboltot. Az üvegkupola és valamennyi ólomüveg ablak Roth Manó alkotása. 

A frigyszekrény ajtaja az ősi frigyládához hasonlóan Nílusparti sittimfából készült, izsóp növényt ábrázoló pánt díszítéssel. A frigyszekrényben őrizzük a tórákat, Mózes öt könyvét, ami pergamenre van írva héber betűkkel. Ezekből olvasnak fel szombatonként és a zsidó ünnepeken az Istentiszteletek során. A frigyszekrény előtt áll a főkántor előimádkozó asztala, mögötte a szószék a főpapi prédikációhoz. A Frigyszekrény fölött függ a finomművű örökmécses, amit napelemek táplálnak. A főoltár alatt található a márvány tóraolvasó asztal, amiben elöl a jeruzsálemi márványból készült zárókő mögött őrizték a zsinagógaépítés terveit és leírását, de ez sajnos eltűnt a Holocaust alatt. 

Az oltárhoz tartoznak még a menórák, a hét ágú gyertyatartók, melyek előképei a Titus római császár által i.sz. 70-ben romba döntött jeruzsálemi szentélyben álltak. A középsők aranyozottak és féldrágakövekkel kirakottak. Az oltár fölött egy kis kupola magasodik, ami az épület kupolájának a leegyszerűsített mása. Mögötte található az orgona és a kórus helye. A templom belső díszítésében nagy szerepe volt Lőw Immanuel (1854-1944) főrabbinak, aki tanácsaival segítette az építészt, az oltárfal bibliai motívumainak, a falak és ablakok díszítésének megválasztásában. A főrabbi a magyar széppróza, a retorika, a folklór, a botanika, a zsidó hagyományok fáradhatatlan kutatója volt, 1927-től felsőházi képviselő, Szeged megbecsült személyisége. Die Flora der Juden című négykötetes munkáját (1926) az egész világ ismeri. 

Az ólomüvegablakok a zsinagógai év eseményeit örökítik meg, a hétköznapoktól a szombaton és valamennyi zsidó ünnepről megemlékezve, azokat jelképezve.
 

Az orgonát Wegenstein C. Lipót temesvári orgonaépítő készítette, rekonstrukcióját a pécsi Orgonaépítő Manufaktúra Kft. végezte el 2000-2001-ben. Az orgona 2317 sípos, 42 regiszteres, 2 manuálos hangszer, mely manapság is rendszeres használatban van a Szegedi Tudományegyetem Zeneművészeti Karának hallgatói és oktatói, illetve a zsinagóga orgonistája, Pócsai György által, valamint komolyzenei hangversenyek során.

 

A II. világháború alatt a zsinagóga volt a városban kialakított gettó központja, az épületet raktárként használták, itt gyűjtve a deportáltak értékeit. A felszabadulás után visszatértek egy része megkezdte saját és a közösség életének újraépítését, 1947-ben felavatták a zsinagóga előterében a Mártírok Emlékcsarnokát, ahol 1900 név olvasható a márványtáblákon, jóllehet ez a szám már 1990-ben is 2200 felett volt. Egy másik tábla a 3000 elhurcolt délvidéki mártírnak állít emléket, míg egy harmadik a Kistelekről elhurcoltak nevét tartalmazza.

 

Az 1970-es évektől több kisebb-nagyobb rekonstrukciót hajtottak végre a zsinagógán, melyek során elkészült a kupola, az orgona, állami támogatással a tetőszerkezet, födém és díszítései megújítása, állagmegóvása. A fagykárok és beázások megelőzésére csatornafűtés beszerelésére is sor került, valamint a Mártír Emlékcsarnok és az öltöző is megújult. Önkormányzati segítséggel felújították a széksorokat, elkészült a külső díszkivilágítás, és 2011-ben a hitközség két legnagyobb hatású főrabbijának, Löw Lipótnak és Löw Immánuelnek az emlékszobája is megnyílt. 2014-ben a Holokauszt Emlékév keretében, a Miniszterelnökség támogatásával Menóra Emlékmű felállítására került sor a zsinagóga kertjében. Szintén kormányzati támogatással 2015-ben indult meg a zsinagóga külső rekonstrukciója, melyet remélhetőleg néhány éven belül az épület belső helyreállítási munkálatai fognak követni.

 

Az 1990-es évek elején alakult az Alapítvány a Szegedi Zsinagógáért, (alapító: Váradi F. Péter) amely teljes erőbedobással igyekszik segíteni a hitközséget a zsinagóga fenntartásában és megőrzésében jótékonysági rendezvények szervezésével és a turizmus élénkítésével. A közhasznú jogállású alapítvány üzemelteti jelenleg a zsinagógát, mely egész évben megtekinthető, csoportok számára magyar és angol nyelvű idegenvezetéssel. A májustól októberig tartó időszakban a zsinagógában hangversenyeket, orgonabemutatókat hallgathatnak az idelátogatók. Minden évben megrendezésre kerül a Szegedi Zsidó Kulturális Fesztivál, mely a zenei események mellett képzőművészeti, irodalmi, rendezvényekkel színesíti a város életét.